L'edició del 2009 de la Marató de tv3 va centrar la seva atenció en les malalties minoritàries per tal de sensibilitzar a la població del greu problema que pateixen les persones que pel fet de tenir malalties que no afecten a un gran nombre de la població estan condemnades a viure sense tenir un diagnòstic clar i amb la inseguretat que això suposa.

Els diners recaptats amb les diferents activitats es destinaran precisament a projectes d'investigació sobre les malalties minoritàries. Enguany ha estat la convocatòria d'ajuts amb més èxit de la Fundació ja que s'han presentat un total de 288 projectes de recerca per optar a ser finançats amb els recursos obtinguts.

Del total de projectes presentats, 176 són unitaris i 112 coordinats entre dos o més centres de recerca, fet que implica el treball en xarxa d'institucions catalanes amb altres d¡àmbit espanyol o internacional.

D'altra banda, ja es coneix el tema de la Marató del 2010: Les lesions medul·lars i cerebrals adquirides, és a dir aquelles que es produeixen de manera sobtada o accidental i que segons el seu nivell - parcial o total - poden causar una pèrdua de la mobilitat, sensibilitat en el cas de la medul·la, i afectar a la parla, a la conducta o la memòria en el cas de les cerebrals.