Els orígens de la IAEDEN es remunten als anys 70 quan es va organitzar tot un moviment per tal de salvar els aiguamolls de l'Empordà. Liderarts per Jordi Sargatal van fundar la IAEDEN al 1980 i des d'aleshores han continuat fent campanya per protegir l'Empordà.

Fruit de les seves campanyes s'ha assolit la protecció legal dels Aiguamolls, l'Albera i el Cap de Creus. L'estiu del 2002 la IAEDEN impulsa la Plataforma Salvem l'Empordà per tal que més gent, no estrictament ecologista, ajudi a defensar el territori. Des de llavors totes les energies pel tema reivindicatiu la IAEDEN les canalitza des de Salvem l'Empordà.

Des de la IAEDEN es potencien també, activitats naturalistes per conèixer el patrimoni natural (cursos, xerrades, sortides...), l'educació ambiental i el treball amb els infants i joves, a través del grup d'esplai (el GENI).

En tant que es tracta d'una entitat sense ànim de lucre ni vinculació partidista, el seu finançament prové principalment de les quotes dels seus socis. Actualment en son aproximadament 500, però encara se'n necessiten més per assolir els objectius de l'entitat. Per això ha començat una campanya de captació de socis.