Com és lògic, per poder presentar una sol·licitud de rectificació d'autoliquidació cal que, prèviament, s'hagi presentat una declaració inicial.

També és necessari que aquella autoliquidació no hagi estat comprovada per part de l'Administració Tributària, és a dir, que no hagi estat objecte d'inspecció ni de liquidació per part d'Hisenda, llevat que la liquidació practicada per l'Administració hagi estat causada per un motiu diferent del que argumenti el contribuent.

Per exemple, si Hisenda fa una inspecció de l'IVA de l'entitat i corregeix l'autoliquidació inicial perquè troba que hi ha algunes factures que no són deduïbles, l'entitat igualment podrà presentar una sol·licitud de rectificació de la declaració perquè no havia efectuat correctament el càlcul del percentatge deduïble de les factures suportades, la prorrata del seu IVA, i en en càlcul rectificat resulta que li surt un percentatge d'IVA recuperable superior a l'inicial.

El termini màxim per poder efectuar aquesta sol·licitud és el termini de prescripció que té Hisenda per poder determinar el deute tributari i el del contribuent per exercir els seus drets, és a dir, quatre anys des que es va fer l'ingrés indegut.

La sol·licitud de rectificació haurà d'incloure, com a mínim, les informacions següents:

• Identificació de l'entitat i del seu representant legal (normalment, el president).
• Identificació de l'autoliquidació objecte de sol·licitud de rectificació.
• Identificació del mitjà de pagament escollit per a la devolució, si s'escau (IBAN del compte bancari)
• Fonamentació de la sol·licitud: fets i causes que la motiven i demandes en les qualses es concreten.
• Identificació del domicili a efectes de notificacions.
• Òrgan de l'Administració al qual es dirigeix, normalment, el departament de Gestió Tributària.
• Lloc, data i signatura del sol·licitant.
• Documents justificatius de tots els punts anteriors.

L'Administració tributària rep la sol·licitud i la sotmet al mateix procediment que si es tractés d'una inspecció, examinant les circumstàncies que determinaran si la rectificació és procedent.

Haurà de comprovar la veracitat dels fets en els quals es fonamenta la reclamació, i podrà instar a l'entitat a aportar més dades o documentació.

Si es demana una devolució, comprovarà també que l'ingrés previ hagi estat efectivament efectuat, que l'entitat no hagi recuperat per altres mitjans la quantitat reclamada (per exemple, que l'IVA suportat d'una factura que es reclama no hagi estat utilitzat també per a justificar una subvenció).

Podrà també realitzar requeriments a la pròpia entitat que ha fet la sol·licitud, així com a terceres persones que li puguin aportar les informacions complementàries que consideri necessàries.

Finalment, durant la fase d'instrucció, l'Administració podrà demanar tot tipus d'informes, inclosos els que els òrgans de Gestió Tributària poden demanar a la Inspecció de Tributs.

Al finalitzar aquesta fase, el sol·licitant rebrà un escrit amb les conclusions a les quals l'Administració hagi arribat, argumentades, i farà una proposta de resolució a la qual (en cas que no s'estigui d'acord total o parcialment) es podran fer les al·legacions que es considerin oportunes en un termini de 15 dies hàbils comptats a partir del dia següent al de la notificació de la proposta.