El segon pas, és emplenar les caselles corresponents a l'IVA deduïble, referents a les compres realitzades per l’entitat. En aquest cas, a les caselles de la 'columna base' s’han de posar les diverses bases imposables que figurin a les factures de compres i que siguin deduïbles, i a les caselles de la 'columna quota' es consignan els imports que l’organització tingui dret de deduir, en funció del règim de deduccions que tingui l’entitat.

Si tots els ingressos de l’entitat estan generant IVA, es pot deduir la totalitat de l’IVA suportat a les compres, sempre que aquestes hagin estat necessàries per desenvolupar les activitats i estiguin documentades amb factura completa.

Però si es té una part de la facturació subjecta i una altra exempta, les factures de les compres només es podran deduir de forma parcial en funció de la modalitat de prorrata que estigui aplicant l’entitat.

Dins de l’apartat de l’IVA deduïble, cal separar les bases i quotes suportades segons si són operacions interiors, intracomunitàries o importacions, i també segons si es tracta d’operacions corrents o si són compres de béns d’inversió. Als efectes de l’IVA, només tenen aquesta consideració les compres d’immobilitzats que superin els 3.000 euros.

Si s’han produït compres amb inversió de subjecte passiu, la part deduïble no es declara de forma separada, com en l’apartat de l’IVA meritat, sinó que s’ha d’incloure dins dels apartats destinats a les quotes suportades en operacions interiors.

A la declaració del quart trimestre cal omplir la casella 43, en cas que calgui fer regularitzacions en les deduccions aplicades en anys anteriors en béns d’inversió i la casella 44, si hi ha diferències entre la prorrata que s’ha aplicat de forma provisional i la que ha resultat definitiva per l’exercici que s’està liquidant.

El resultat de la liquidació és la diferència entre les caselles 27 (quota meritada) i la 45 (total a deduir).

Aquelles organitzacions que facturin fora del territori nacional no han d'incloure la informació sobre l'import de les vendes i serveis oferts a les caselles ordinàries, ja que no reporten quotes d’aquest impost. Aquesta informació s’ha d’incloure en l'apartat d'informació addicional, un bloc merament informatiu on només s’han de reflectir les operacions facturades sense IVA, però que han originat dret a deducció. Principalment, són les vendes intracomunitàries i exportacions.